Le fort portugais São-Jão-Batista-de-Ajuda est construit en 1721. C'est un comptoir fortifié jusqu'en 1816 puis devient une mission catholique jusqu'en 1893. Il sert par la suite de siège à la représentation de l'État portugais. En 1961, pour célébrer l'indépendance du pays, le gouvernement du Dahomey annexe l'enclave portugaise. Avant de partir, les occupants incendient les bâtiments.
Par décret du 13 novembre 1964, le fort est classé monument historique. Il est restauré avec l'aide financière de la France et des États-Unis avec les conseils et les ressources du Portugal de la fondation Calouste-Gulbenkian. Un musée y est aménagé sur l'histoire de Ouidah, et ouvre ses portes le 6 septembre 1967.
Collections
Logé dans l'ancienne résidence du gouverneur portugais du fort, le musée est constitué de 11 salles exposant les objets et collections acquis depuis 1967 par le musée lors de dons ou achats de collections de familles notables d'Ouidah, avec l'aide de partenaires étrangers ou lors des fouilles archéologiques.
Il héberge notamment des objets liés à l'ancien fort, au royaume de Xwéda et du royaume du Dahomey ainsi que du commerce et du rapatriement des esclave
